استفاده از سیتی پرتوی ایکس در گرایشهای مختلف زمینشناسی مانند زمینشناسی نفت، خاکشناسی، دیرینهشناسی و رسوبشناسی از اوایل دههی ۱۹۸۰ آغاز شد. کاربردهای سیتی در مطالعات سنگ و مهندسی نفت به دو دستهی مهم استاتیک (مشخصهیابی سنگها) و دینامیک (مطالعهی جریان سیال) تقسیمبندی میشوند؛ از جملهی این کاربردها میتوان اشاره کرد به محاسبهی توزیع تخلخل و درصد تخلخل، بررسی ناهمگنی، محاسبهی مقاومت الکتریکی، محاسبهی چگالی بالک، کانی شناسی، محاسبهی نفوذپذیری، اشباع و توزیع آن، تراکم پذیری حفرات و غیره. این پارامترها نقش مهمی در محاسبات خصوصیات جریان چند فازی مانند شاخص مقاومت، فشار مویرگی و نفوذپذیری نسبی دارند.
با توجه به نیاز صنعت به انجام مطالعات در مقیاس حفره، میکروتوموگرافی پرتوی ایکس یا همان میکرو سیتی در دههی ۱۹۸۰ معرفی شد و پس از چند سال در سال ۱۹۸۷ تصاویری از نمونههای سنگی تولید شد. تفاوت سیتی و میکرو سیتی در رزولوشن یا همان قدرت تفکیکی است که ارائه میدهند. سیتیهای بالینی در بهترین حالت دقتی حدود ۲۰۰ تا ۴۰۰ میکرومتر ارائه میدهند، اما رزولوشنی که از میکرو سیتی به دست میآید، زیر ۵ میکرون است. بنابراین با توجه به رزولوشن بالا و ذات غیر مخرب میکرو سیتی، استفاده از آن در دو سه دههی اخیر در علوم زمین شناسی به سرعت رشد کرده و به عنوان ابزاری قدرتمند برای آنالیز دیجیتال مغزه، تصویربرداری در مقیاس حفره و مدلسازی شناخته شده است. میکرو سیتی فرایند برشزنی و ایجاد مقطع را که هم آسیب زننده، هم هزینهبر و هم زمانبر است، نیز حذف میکند.